首先要考慮粉碎的是什么物料，如果是水分大的秸稈，將畜禽糞便與秸稈、鋸末屑、蘑菇渣等按適當比例（糞便占80-90%，其他占10-20%）混合。1噸物料(鮮料約2.5噸)加1公斤肥料發酵劑，按1公斤肥料發酵劑加5公斤米糠（或麩皮、玉米粉等替代物）稀釋后再均勻撒入物料堆，混拌發酵即可。注意，用米糠最好不用“統糠”，新鮮米糠的營養及通氣性遠優于陳舊米糠。    

發酵過程注意適當供氧與翻堆，溫度控制在55-65℃，溫度太高對養分有影響。發酵物料的水分應控制在60～65%。過高過低均不利于發酵,水過少,發酵慢；水過多會導致通氣差、升溫慢，并產生臭味。

調整物料水分方法：水分過高可添加秸稈、鋸末屑、蘑菇渣、干泥土粉等。水分合適與否判斷辦法：手緊抓一把物料，指縫見水印但不滴水，落地即散。    

整個發酵過程一般5-7天后即可完成物料的徹底脫臭、發酵腐熟、殺蟲滅菌等。成品有機肥為蓬松狀、呈黑褐色，略帶酒香味或泥土味，營養豐富，施入農田更安全方便，用于瓜果蔬菜、經濟作物、苗木花卉營養土，價值增值更高雖然有些物料堵塞是因為秸稈粉碎機設計上的問題，但是更多的原因是因為操作不當引起的。

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